Estrutura básica de diretórios do Sistema Linux

/bin Contém arquivos de programas do sistema que são usados com frequência pelos usuários.
/boot Contém arquivos necessários para a inicialização do sistema.
/cdrom Ponto de montagem de CR-ROM.
/media Ponto de montagem de dispositivos diversos do sistema (rede, pen-drives, CD-ROM em distros mais novas.)
/dev Contém arquivos usados para acessar dispositivos (periféricos) existentes no computador.
/home Diretórios contendo arquivos do usuário.
/lib Bilbiotecas compartilhadas pelos programas do sistema e módulos do kernel.
/lost+found Local para a gravação de arquivos/diretórios recuperados pelo utilitário fsck.ext2. Cada partição possui seu próprio diretório lost+found.
/mnt Ponto de montagem temporário.
/proc Sistema de arquivos do kernel. Este diretório não existe no disco rígido, ele é colocado lá pelo kernel e usado por diversos programas que fazem sua leitura, verificam configurações do sistema ou modificam o funcionamento de dispositivos do sistema através da alteração em seus arquivos.
/sys A mesma descrição acima.
/root Diretório do usuário root.
/sbin Diretório de programas usados pelo superusuário (root) para administração e controle do funcionamento do sistema.
/tmp Diretório para armazenamento de arquivos temporários criados por programas.
/usr Contém amaior parte de seus programas. Normalmente acessível somente como leitura.
/var Contém maior parte dos arquivos que são gravados com frequência pelos programas do sistema, e-mails, pool de impressor, cache, etc.

Fonte: focalinux