várias versões windows em único pendrive

Não precisa particionar o pendrive.
Você pode continuar usando o WinSetupFromUSB, crie o projeto e salve todo conteúdo do pendrive em uma pasta no seu computador com o nome da instalação como exemplo xp.
Agora faça com o resto.
Ao terminar vamos aproveitar o último projeto feito e mantenha os arquivos: default, grldr, menu.lst, usbdrive.tag e windefault na raíz do pendrive o restante mova para uma pasta com nome respectivo do nome da instalação.
Vamos agora abrir o arquivo menu.lst com o bloco de notas e iremos editá-lo:
Nas primeiras 2 linhas você pode editar as cores e o tempo padrão de espera:

color black/cyan yellow/cyan (você pode usar blue, red e white além dessas cores)
timeout 10 (use 0 para não ter contagem regressiva)

default /windefault (deixe essa linha)

apague todo o resto e deixe apenas as linhas abaixo já editando o título e a última linha:

title Windows XP/2000/2003 Setup (altere para: Instalar Windows XP)
map --unmap=0:0xff
map --unhook
savedefault
ls /usbdrive.tag || find --set-root --ignore-cd /usbdrive.tag
configfile /winsetup.lst (como movemos a instalação para a pasta xp, então insira um /xp antes da barra, como no exemplo abaixo)configfile /xp/winsetup.lst
Agora entre na pasta xp e vamos editar o winsetup.lst:

Apague as 3 primeiras linhas: color, timeout e default
Edite como abaixo:

title Back to Main Menu (title Retornar para o menu)
configfile /menu.lst

title First part of Windows XP Professional SP2 setup from partition 0 (title Confirmar Instalacao do Windows XP, ou apague essa linha e as de cima para não haver confirmação)
map --unmap=0:0xff
map --unhook
ls /WINSETUP/XPpSP2.ISO || find --set-root --ignore-cd /WINSETUP/XPpSP2.ISO (acrescente /xp nos caminhos como no exemplo abaixo)ls /xp/WINSETUP/XPpSP2.ISO || find --set-root --ignore-cd /xp/WINSETUP/XPpSP2.ISO
map /WINSETUP/XPpSP2.ISO (0xff) || map --mem /WINSETUP/XPpSP2.ISO (0xff) (acrescente /xp nos caminhos como no exemplo abaixo)map xp/WINSETUP/XPpSP2.ISO (0xff) || map --mem xp/WINSETUP/XPpSP2.ISO (0xff)
savedefault 2
checkrange 0x00,0x01 read 0x8280 && configfile /BOOTWS/fd.lst (acrescente /xp)
checkrange 8 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/8.lst (acrescente /xp)
checkrange 7 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/7.lst (acrescente /xp)
checkrange 6 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/6.lst (acrescente /xp)
checkrange 5 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/5.lst (acrescente /xp)
checkrange 4 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/4.lst (acrescente /xp)
checkrange 3 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/3.lst (acrescente /xp)
checkrange 2 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/2.lst (acrescente /xp)
checkrange 1 calc *0x475 & 0xFF && configfile /BOOTWS/1.lst (acrescente /xp)
boot
map --unmap=0:0xff
map --unhook

Exclua essa e as demais linhas até a última:
title Second part of 2000/XP/2003 setup / Boot first internal hard disk (Afinal de contas não serve pra nada mesmo)

Copie as pastas do seu computador para a raiz do pendrive.
Acrescente no menu.lst que está na raiz do pendrive os menus correspondentes, por exemplo:

title Instalar Windows XP
map --unmap=0:0xff
map --unhook
savedefault
ls /usbdrive.tag || find --set-root --ignore-cd /usbdrive.tag
configfile /xp/winsetup.lst


title Instalar Windows Vista
map --unmap=0:0xff
map --unhook
savedefault
ls /usbdrive.tag || find --set-root --ignore-cd /usbdrive.tag
configfile /Vista/winsetup.lst


title Instalar Windows 7
map --unmap=0:0xff
map --unhook
savedefault
ls /usbdrive.tag || find --set-root --ignore-cd /usbdrive.tag
configfile /7/winsetup.lst

title Instalar Windows 8
map --unmap=0:0xff
map --unhook
savedefault
ls /usbdrive.tag || find --set-root --ignore-cd /usbdrive.tag
configfile /8/winsetup.lst


FONTE: https://adrenaline.uol.com.br/forum/threads/como-particionar-pen-drive.441638/
USUÁRIO: polterboy